Wissenschaftliche Bildverarbeitung und Analyse
medRSD Workshop
| Zielgruppe | Promovierende der Medizin (medRSD Mitglieder) Promovierende der Naturwissenschaften (iGRAD Mitglieder) Betreuer und Postdocs Wissenschaftliche Mitarbeiter des UKD |
| Sprache | Deutsch |
| Workshopdauer | zweitägig |
| Kursplätze | 15 |
| Kursgebühren | 450 € für externe Teilnehmende kostenlos für Promovierende und Wissenschaftliche Beschäftigte der Medizinischen Fakultät |
| Anmeldung | medRSD: Anmeldung siehe unten iGRAD: Anmeldung über das iGRAD-Office |
Im strukturierten Ausbildungsprogramm:
2 Veranstaltungstage im Bereich Kernkompetenzen
Im Basiscurriculum des PhD-Programms:
2 Veranstaltungstage im Bereich Wissen & Wissenschaft
Dr. Jan Brocher
www.biovoxxel.de
Voraussetzungen zur Teilnahme am Online-Kurs
Der Workshop wird online mit einem Videokonferenzsystems durchgeführt. Folgende Voraussetzungen sind hierfür nötig:
Hardware:
- Macbook/Mac oder PC/Notebook
- Ein zweiter Monitor, oder alternativ ein zweites Gerät (z.B. ein Tablet), oder eine Verbindung mit einem Fernsehgerät ist zu empfehlen, da parallel zum Webinar am eigenen Rechner aktiv mitgearbeitet werden muss!
- Eine Kamera ist nicht zwingend erforderlich trägt aber zu besserer Kommunikation bei.
- Mikrofon (die bei den oben genannten Geräten vorhandenen Mikrofone reichen aus)
- Die Verwendung eines Kopfhörers wird dringend empfohlen um EchoEffekte zu verringern.
Software:
- Fiji (eine detaillierte Anleitung zur Installation und Vorbereitung erhalten die registrierten Teilnehmer rechtzeitig vor dem Kurs per Mail
- Als Plattform für den Workshop und die Videokonferenz wird "Zoom" eingesetzt werden. Es ist sinnvoll die Zoom App zu installieren. Es ist KEINE Registrierung bei Zoom erforderlich.
Genauere Informationen und eine detaillierte Anleitung, sowie die Zugangsdaten zum Webinar werden die Teilnehmenden einige Tage vor Beginn des Workshops per E-Mail erhalten. Bitte prüfen Sie auch Ihren SPAM-Ordner.
Der Workshop vermittelt Wissenschaftlern unterschiedlicher Bereiche der Lebenswissenschaften den Umgang, die Verarbeitung und Analyse von digitalen Bildern. Dies reicht von der korrekten mikroskopischen Bildakquise bis hin zum Einbau in die Publikationsabbildung. Neben entscheidenden theoretischen Kenntnissen, sorgen praktische Übungen mittels der professionellen Software Fiji dafür, dass zu allen Themengebieten wissenschaftsethisch korrekte Methoden zur Bildbearbeitung und Analyse erlernt werden. Ein Ziel ist es dabei, so viel Information wie möglich aus den Bilddaten zu extrahieren. Das erlernte kann im Nachhinein mittels des Unterrichtsmaterials einfach wiederholt und vertieft werden. Es werden auch Einblicke in die Automatisierungsmöglichkeiten sich wiederholender Prozessierungsschritte gegeben und eine effiziente Erstellung von Publikationsabbildungen bei gleichzeitigem Erhalt hoher Bildqualität vermittelt.
Darüber hinaus können spezifische Fragestellungen oder Probleme der Kursteilnehmer diskutiert werden, sofern diese zuvor kommuniziert (Mail mit Fragestellung und Beispielbildern) wurden.
Zielgruppe
Doktoranden und PostDocs, die sich mit digitalen Bildern und deren Analyse beschäftigen. Der Workshop hat einen Fokus auf Lebenswissenschaftlichen Anwendungen und Mikroskopie, aber der Inhalt ist generell auf alle Fachgebiete übertragbar. Keine Vorkenntnisse zur Software nötig.
Spezifische Themen sind (unter anderem):
- Grundlagen der Bildakquisition (Auflösung und Sampling, wissenschaftliche geeignete Bildformate, Metadaten - Informationen hinter dem offensichtlichen Bild, Eigenschaften und Informationsgehalt digitale Bilder (Bit-Depth, Farbräume,...)
- Korrekte Bearbeitung naturwissenschaftlicher Bilder (Verwendung des Intensitätshistogramms, Kontrast, Rotationen, Größenanpassung, Hintergrundreduktion)
- Verwendung verschiedener Bildfilter zur Vorbereitung der Extraktion und weiteren Analyse
- Bildsegmentierung - Extraktion spezifischer Bildinformationen oder Objekten (Zellen, Kerne, Markerfärbungen)
- Manuelles und automatisches Zählen von Objekten
- Grundlegende 3D-Rekonstruktion (Mikroskopische Stacks, MRT-Daten, etc.)
- Bildquantifizierungen (Messung von Flächen, Flächenanteilen, Längen, etc., 3D Objekte quantifizieren (Volumen, Oberfläche, korrekte Intensitätsmessung in Bildern (z.B. Fluoreszenzintensität)
- Automatisches Tracking und Analyse sich bewegender Objekte (optional)
- Bildskalierung und -kalibrierung
- Kennzeichnung von Bildern und Filmsequenzen (scale bars, calibration bars,...)
- Quantitative Bildanalyse - Längen, Flächen, Volumen, Oberfläche, Intensitäten
- Wissenschaftsethik im Bezug auf den Umgang mit digitalen Bildern und deren Publikation
- Effiziente und wissenschaftliche korrekte Erstellung von Publikationsabbildungen
Ziel
Der Workshop soll Wissenschaftlern ein besseres Verständnis der "Do's" und "Don'ts" während der Verarbeitung, Bearbeitung und Analyse von digitalen Bildern. Den Teilnehmern werden die Möglichkeiten und Methodiken aufgezeigt, wie sie eine Vielfalt an Informationen aus ihren digitalen Bildern extrahieren können.
Methode
Während der praktischen Übungen wird mit der umfassenden und professionellen Software Fiji (angepasstes ImageJ Bundle) gearbeitet. Die Software wird zur Verfügung gestellt und steht auch nach dem Workshop frei zur Verfügung (Open Source).
Termine
